Bối cảnh truyện diễn ra trong 1 tương lai xa, khi mà mặt đất đã dần bị tàn phá nặng nề. Con người đã xây dựng nên những pháo đài di động khổng lồ được gọi là các “Vườn ươm”. Đây là nơi họ đào tạo nên những “đứa trẻ” đặc biệt, những đứa bé không hề biết gì về thế giới rộng lớn bên ngoài kia … Sự tồn tại của những đứa trẻ này là vì một mục đích, đó là tiêu diệt những sinh vật khổng lồ bí ẩn được gọi là các “Kyoryuu”. Những đứa trẻ phải phối hợp với nhau từ khi còn bé để có thể điều khiển các chiến binh robot có tên là “Franxx” chống lại những sinh vật bí ẩn kia. Đây là câu truyện về anh chàng Hiro (Code: 016) , người gặp vấn đề về năng lực và cảm thấy sự tồn tại của mình là thừa thãi cho đến khi cậu gặp 1 cô gái kì lạ, bí danh “002” ….